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微生物種類繁多，總數(shù)龐大，針對不同的微生物對能量、營養(yǎng)和理化條件的需求不同（包括各因子的種類和濃度不同），對現(xiàn)有培養(yǎng)基經(jīng)過適當(dāng)?shù)膬?yōu)化改造可以用于新的微生物的分離培養(yǎng)。

傳統(tǒng)經(jīng)典分離篩選方法：
微生物平板培養(yǎng)方法：微生物平板培養(yǎng)方法是一種傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法。這種方法主要使用不同營養(yǎng)成分的固體培養(yǎng)基對土壤中可培養(yǎng)的微生物進(jìn)行分離培養(yǎng)，然后根據(jù)微生物的菌落形態(tài)及其菌落數(shù)來計(jì)測微生物的數(shù)量及其類型。

新型分離篩選方法：
1. 稀釋培養(yǎng)法：
1.1 擴(kuò)散盒培養(yǎng)法
Kaeberlei等在分離培養(yǎng)潮間帶底泥中的微生物時(shí)使用一種新穎的自制培養(yǎng)儀器，為其起名為擴(kuò)散盒。擴(kuò)散盒由一個(gè)環(huán)狀的不銹鋼墊圈和兩側(cè)膠連的0.11μm濾膜組成，濾膜只能允許培養(yǎng)環(huán)境中的化學(xué)物質(zhì)通過而不能讓細(xì)胞通過。

1.2細(xì)胞包囊法
Zengler等將海水和土壤樣品中的微生物先進(jìn)行類似稀釋培養(yǎng)法的稀釋過程，然后乳化，部分微生物形成了僅含單個(gè)細(xì)胞的膠狀微滴。然后將膠狀微滴裝入層析柱內(nèi)，使培養(yǎng)液連續(xù)通過層析柱進(jìn)行流態(tài)培養(yǎng)。層析柱進(jìn)口端用0.11μm濾膜封住，防止細(xì)菌的進(jìn)入而污染層析柱;出口端用8μm濾膜封住，允許培養(yǎng)產(chǎn)生的細(xì)胞隨培養(yǎng)液流出。該方法的特點(diǎn)是讓微生物在開放式培養(yǎng)液中生長，使培養(yǎng)環(huán)境接近于微生物的自然生長環(huán)境，能夠很好地提高微生物可培養(yǎng)性，但成本較高，不利于普及使用。

2. 序列引導(dǎo)分離法
序列引導(dǎo)分離技術(shù)是根據(jù)微生物基因組中特定基因的特異性序列，設(shè)計(jì)引物或雜交探針，以培養(yǎng)物中目標(biāo)序列存在和變化情況為標(biāo)準(zhǔn)，來指導(dǎo)對微生物最優(yōu)培養(yǎng)條件的選擇，培養(yǎng)出新的微生物。