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簡(jiǎn)化基因組測(cè)序
(Reduced-Representation Genome Sequencing,RRGS)
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技術(shù)待認(rèn)領(lǐng)

技術(shù)概述

簡(jiǎn)化基因組測(cè)序(Reduced-Representation Genome Sequencing,RRGS)是指利用限制性內(nèi)切酶打斷基因組DNA,對(duì)特定片段進(jìn)行高通量測(cè)序獲得海量遺傳多態(tài)性標(biāo)簽序列來(lái)充分代表目標(biāo)物種全基因組信息的測(cè)序策略。此方法實(shí)驗(yàn)步驟簡(jiǎn)單,成本低,而且可以不依賴參考基因組,就能獲得全基因組范圍內(nèi)的遺傳多態(tài)性標(biāo)簽,因而廣泛應(yīng)用于生態(tài)學(xué),進(jìn)化學(xué)和基因組學(xué)等領(lǐng)域。

簡(jiǎn)化基因組能獲得全基因組范圍內(nèi)有代表性的遺傳多樣性位點(diǎn),因而廣泛應(yīng)用于群體進(jìn)化、群體結(jié)構(gòu)、種群歷史、遺傳定位和連鎖圖譜的構(gòu)建。

(資料來(lái)源:派森諾生物)

技術(shù)詳情

到目前為止,科學(xué)家已經(jīng)開(kāi)發(fā)出了多種簡(jiǎn)化基因組的技術(shù)。其中,使用得比較多的技術(shù)主要有四種:即經(jīng)典的 RAD、經(jīng)典的 GBS、2bRAD、 ddGBS(也就是ddRAD)。這四種方法的建庫(kù)流程見(jiàn)下圖。
(派森諾生物編輯)

大規(guī)?;蚍中驮谶z傳相關(guān)性研究中起著重要作用,尤其是和高通量測(cè)序技術(shù)結(jié)合后,它為基因挖掘帶來(lái)了新的機(jī)遇。大規(guī)?;蚍中偷挠行Ы鉀Q方法:SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing),該技術(shù)前期利用生物信息學(xué)方法,對(duì)目標(biāo)物種的參考基因組(或已知BAC序列)進(jìn)行系統(tǒng)分析,設(shè)計(jì)標(biāo)記開(kāi)發(fā)方案,后期根據(jù)前期的方案,構(gòu)建SLAF-seq文庫(kù),篩選特異性長(zhǎng)度片段進(jìn)行高通量測(cè)序,將獲得測(cè)序深度和質(zhì)量滿足要求的SLAF片段來(lái)代表目標(biāo)物種的全基因組信息。它具有以下優(yōu)勢(shì):

1. 高深度測(cè)序保證分型準(zhǔn)確;
2. 簡(jiǎn)化的策略降低測(cè)序成本;
3. 前期簡(jiǎn)化方案預(yù)測(cè)保障標(biāo)記數(shù)量最優(yōu);
4. 采用double index技術(shù)能適用于大群體。

(SLAF簡(jiǎn)化基因組測(cè)序)

簡(jiǎn)化基因組能獲得全基因組范圍內(nèi)有代表性的遺傳多樣性位點(diǎn),因而廣泛應(yīng)用于群體進(jìn)化、群體結(jié)構(gòu)、種群歷史、遺傳定位和連鎖圖譜的構(gòu)建。

(派森諾生物編輯)

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評(píng)論:

1 條評(píng)論,訪客:1 條,官方:0 條
  1. ght
    ght發(fā)布于: 

    做簡(jiǎn)化基因組測(cè)序,需要懂點(diǎn)啥

發(fā)表評(píng)論

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